Schönes Bild, aber da sind ja fast keine Probleme vorhanden.
Zumindest nicht in Form aneinanderhängender Sporen.
Gehen wir es mal durch. Also zum einen gibt es oft eine sog. Vignettierung, d.h. eine Abschattungen an den Rändern und vor allem in den Ecken. Sowas stört bei den Schwellenwerten und daher auch alles, was danach kommt. Diese Vignettierung kann man wieder heraus rechnen, wenn man ein ganz leeres Bild, also ohne Sporen hat und das von dem Bild mit den Sporen abzieht. Aber gut, das ist hier nicht das Problem. Du hast allerdings Schatten im Bild, wo ich nicht weiß, wo die her rühren.
Zum automatischen Zählen habe ich ja schon im Eingangsbeitrag was geschrieben. Ganz kurz in Stichworten zur Wiederholung:
1. Maßstab einstellen (das beschreibe ich mal nicht wieder im einzelnen)
2. Bild in 8-bit-Graustufenbild umwandeln
3. 8-bit-Bild mittels Schwellenwert in ein Bitonbild (binary image) umwandeln
3a. Um Löcher in einzelnen Sporen zu schließen: Process->Binary->Fill Holes
3b. Wenn einzelne Sporen aneinander hängen: Process->Binary->Watershed
4. Den Partikelzähler über Analyze->Analyze Particles starten. Ggf. vorher unter Analyze->Set Measurements die gewünschten Messgrößen auswählen
Nur auf die Parameter bin ich nicht eingegangen, aber die erklären sich mehr oder weniger von selbst. Man kann z. B. nach Größe Partikel ausschließen, also zu kleine oder zu große Partikel. Es würden dann nur die Partikel gezählt, deren Fläche innerhalb deiner Angaben ist. Schmutz und andere Partikel würden nicht gezählt. Es kann aber ja sein, dass da andere Strukturen im Bild sind, deren Fläche teilweise in etwa der einer Spore entspricht. Da die Form der Sporen mehr oder weniger einheitlich ist, kann man das über die "Rundheit" (Circularity) eingrenzen, so dass z. B. länglichere Partikel nicht gezählt würden, auch wenn sie die gleiche Fläche haben.
Der Extended Particle Analyzer von BioVoxxel hat noch ein paar Einstellungen mehr, aber da habe ich ja die Beschreibung bereits verlinkt.
Es gibt alle möglichen Plugins, die meist von Forschern geschrieben oder zumindest in Auftrag gegeben wurden. Wenn man die richtigen Suchworte eingibt, dann findet man oft schon was. Man kann aber auch im Forum von ImageJ oder Fiji Fragen stellen, z. B. wie man etwas macht oder ob es für etwas ein Plugin gibt. Für den Hobbymikroskoper gibt es vermutlich aber kein wirklich tolles Plugin, jedenfalls weiß ich (noch) von keinem. Den Forscher beschäftigen meist sehr spezielle Dinge und da reichen reproduzierbare Daten. Nur für Veröffentlichungen brauchen Forscher Bilder, die entsprechend beschriftet sind und einen Maßstabsbalken enthalten. Direkt im Bild an einer Spore wird eigentlich nie (oder nur selten) ein Maß angebracht, wie du es beschrieben hast. Aber prinzipiell finde ich die Idee für den Hobbymikroskopiker und den Austausch in Foren gar nicht schlecht, z. B. einen Maßstabsbalken mit einer zusätzlichen Skala zu versehen oder direkt im Bild zu vermessen und zu beschriften. Das geht zwar mit kommerzieller Software, die kostet aber eben auch Geld. Und vor allem ist die Profi-Software riesig und kann alles mögliche, von denen man als Hobbymikroskopiker nur wenige Dinge wirklich gebrauchen kann. Es gibt ja auch Mikroskope, die Hundertausende kosten, z. B. Konfokalmikroskope, aber die hat ja keiner zuhause.
Aber wenn du einen riesigen Download nicht scheust und genug Platz auf der Platte hast, dann kannst du ja mal die Profi-Software von Leica oder Zeiss ausprobieren. Die alte Zeiss-Software ist vielleicht sogar gut zu kriegen, da es ja von Zeiss die neue Zen-Software gibt.
Allerdings möchte ich auch nicht völlig ausschließen, dass es da was für Fiji oder ImageJ gibt. Ich hab im Moment nur Fij hier, ich glaube ImageJ hat sowieso ein paar Tools mehr, dafür aber viele andere, die zwar bei Fiji dabei sind, aber nicht in ImageJ. Kann man aber alles nachinstallieren, denn im Grunde ist Fiji nichts anderes als ImageJ mit ein paar Extras. Schöner wäre natürlich ein gut zu bedienendes Programm, dass alle Funktionen mit guter Usability vereint. Da habe ich bislang leider nichts wirklich Gutes gefunden, was nicht etliche Funktionen hat, die für den Normalanwender überflüssiger Ballast sind.
Edit: Hier noch der Link zur alten Zeiss-Software, die ist kostenlos verfügbar:
http://www.zeiss.de/microscopy/de_de/pr ... #downloads
Und die kann definitiv auch beschriften und Balken irgendwo im Bild anbringen. Jedoch ohne Skalierung, soweit ich weiß.
Edit2: Die neue Software gibt es auch als "light" und dann kostenlos, aber die ist auch viel leistungshungriger und ich glaube nicht, dass die mehr kann, was dir nutzt:
http://www.zeiss.de/microscopy/de_de/pr ... -lite.html
