Das Thema von dir finde ich relativ komplex.
Erstmal zu den Milben, falls du sicher bist, dass sie wirklich da sind.
Wenn das Problem wirklich Milben sind, dann hast du tatsächlich eines!
Wie Carsten schon sagte, die Viecher sind die Pest, ob mit oder ohne Trauermückentaxi.
Meiner Erfahrung nach können Milben durchaus viele Meter durch den Keller wandern, auch wenn die Feuchtigkeit nicht unheimlich hoch ist.
Wenn die irgendwo Pilze riechen, dann marschieren sie los und das problemlos auch viele Meter.
So trocken kann die Luft gar nicht sein, dass sie dadurch aufgehalten werden.
Wenn du alles regelmäßig untersuchst hast du eine Chance.
Wenn du das längere Zeit nicht tust und sich ein "Milbennest" irgendwo unerkannt bilden kann, dann haben wir den Salat!
Die Biester kannst du mit Desinfektions-Alkohol besprühen dass es nur so trieft, und sie leben weiter.
Das habe ich an einem Unicorn Beutel unfreiwillig getestet.
Die Milben waren nicht im Beutel, der Beutel war gut verschweißt.
Aber sie saßen in Trauben außen auf dem Filter und sie wollten rein in den Beutel.
Ich wollte den Beutel aber gerne behalten, weil er innen sauber war.
Habe ihnen dann eine gewalltige Ladung Isopropanol 70%ig verpasst, aber das hat sie nicht beeindruckt.
Kurz darauf saßen sie wieder auf dem Filter, wenn auch weniger als vorher.
Könnte natürlich auch sein, dass in der Zwischenzeit von anderswo neue Milben gekommen waren.
Was hiermit nur gesagt sein sollte:
Die Viecher sind die Pest für den Kulturpilzler und nicht zu verharmlosen solange man nicht viele Räume hat, die möglichst weit voneinander entfernt liegen u.s.w. ...
Aber die Sache mit den Milben auf dem Filter könnten einen auch das folgende lehren:
Wenn die Milben irgendwo einen Pilz riechen, dahinkriechen, aber nicht in das Gefäß hinein kommen, dann hat man quasi eine Milbenfalle.
Die Milben kommen nicht auf die Idee wieder weiter weg zu kriechen, wenn sie nicht in den Beutel hinein kommen können, solange es nicht von anderswoher stärker nach Pilzen riecht.
Es duftet am Filter einfach zu verführerisch.
Der Trend sollte demnach vielleicht zur Milben-Falle (Milben-Köder) gehen.
An sonsten würde ich mich auch erstmal an Carstens Tipp mit der Flüssigbeimpfung halten, was die Kontaminationen angeht.
Wenn du große Beutel in unsteriler Umgebung beimpfen möchtest ist das wahrscheinlich die beste Methode.
Dein Problem mit dem Grünschimmel das bei den Stockschwämmchen, mit denen du angefangen hattest, noch nicht da war, zeigt wie du angedeutet hast einen gängigen Fehler, dem auch ich zum Opfer gefallen bin.
Ist der Keller einmal mit Schimmel verseucht, dann hat man unter Umständen sehr lange etwas davon.
Daher:
Bitte Verseuchtes Substrat nie im Haus öffnen.
Schlimm genug, wenn man später die verschimmelten Gläser spülen muss.
Das macht man am Besten auch draußen, falls möglich.
Zumindest grob vorspülen, so dass die Sporen im Haus nicht mehr aufgewirbelt werden können.
Aber wie gesagt:
Den Fehler habe ich ebenso gemacht.

Bei mir ist es ein anderer Schimmel, nicht der Grüne.
Für mich mittlerweile nicht mehr so schlimm, wäre aber ohne Hepa-Filter möglicherweise immernoch aktuell.
Bis dahin ...
Schöne Grüße,
Fabian